برخی درآمدهای حقوق که از پرداخت مالیات معاف هستند عبارتند از:
1- کارشناسان خارجی که با موافقت دولت جمهوری اسلامی ايران از محل کمک های بلاعوض فنی و اقتصادی و علمی و فرهنگی دول خارجی و يا مؤسسات بین المللی به ايران اعزام می شوند نسبت به حقوق دريافتی آنان از دول متبوع يا مؤسسات بین المللی مذکور
2- حقوق بازنشستگی و وظیفه و مستمری و پايان خدمت و خسارت اخراج و بازخريد خدمت و وظیفه يا مستمری پرداختی به وراث و حق سنوات و حقوق ايام مرخصی استفاده نشده
3- هزينه سفر و فوق العادة مسافرت مربوط به شغل
4- مسکن واگذاری در محل کارگاه يا کارخانه جهت استفادة کارگران و خانه های ارزان قیمت سازمانی در خارج از محل کارگاه يا کارخانه که مورد استفاده کارگران قرار می گیرد.
5- وجوه حاصل از بیمه بابت جبران خسارت بدنی و معالجه و امثال آن
6- عیدی سالانه يا پاداش پايان سال جمعاً معادل يک دوازدهم میزان معافیت مالیاتی حقوق موضوع ماده 84 قانون مالیات های مستقیم (در سال 1401 تا مبلغ 56.000.000 ريال). لازم به ذکر است؛ در سال 1401 عیدی پايان سال حقوق بگیران، پس از اعمال اين معافیت، تا هفت (7) برابر آن مشمول مالیات به نرخ ده (10) درصد و نسبت به مازاد آن مشمول مالیات به نرخ بیست (20) درصد می باشد.
7- خانه های سازمانی که با اجازه قانونی يا به موجب آيین نامه های خاص در اختیار ماموران کشوری گذارده می شود.
8- وجوهی که کارفرما بابت هزينه معالجه کارکنان خود يا افراد تحت تکفل آنها مستقیماً يا به وسیله حقوق بگیر به پزشک يا بیمارستان به استناد اسناد و مدارک مثبته پرداخت کند.
9- مزايای غیرنقدی پرداختی به کارکنان حداکثر معادل دو دوازدهم معافیت مالیاتی حقوق موضوع ماده (84) قانون مالیاتهای مستقیم (در سال 1401 حداکثر معادل 112.000.000 ريال)
10- درآمد حقوق پرسنل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ايران اعم از نظامی و انتظامی، مشمولان قانون استخدامی وزارت اطلاعات، جانبازان انقلاب اسلامی و جنگ تحمیلی و آزادگان، رزمندگان با حداقل 12 ماه حضور در جبهه و فرزندان شهدا
11- پنجاه (50) درصد مالیات حقوق کارکنان شاغل در مناطق کمتر توسعه يافته طبق فهرست سازمان مديريت و برنامه ريزی کشور (فهرست مناطق کمتر توسعه يافته موضوع تصويب نامه شماره 76254/ت 36095 ه مورخ 1388/04/10 هیات وزيران کماکان دارای اعتبار و ملاک عمل می باشد.
12- حقوق پرداختی به کارگران ايرانی اعزامی به خارج از کشور موضوع قرارداد های صدور خدمات فنی به خارج از کشور به شرط داشتن گواهینامه شغلی از وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی
13- پنجاه (50) درصد حقوق و مزايا يا دستمزد مشمول مالیات يکی از اولیا افراد دارای معلولیت خیلی شديد و شديد مادامی که مسئولیت پرداخت هزينه های مترتب بر معلولیت فرد بر عهده اولیا (پدر، مادر يا سرپرست قانونی فرد) است، از پرداخت مالیات معاف است. گواهی تايید نوع و شدت معلولیت افراد مشمول اين معافیت (ماده 25 قانون حمايت از حقوق معلولان) از سوی کمیسیون پزشکی تشخیص نوع و شدت معلولیت سازمان بهزيستی کشور ارائه خواهد شد. همچنین هزينه مراقبت و توانبخشی آنان نیز قابل کسر از درآمد مشمول مالیات حقوق فرد معلول يا شخصی که تکفل او را عهده دار است، می باشد.
نکته: حقوق پرداختی به کارکنان اشخاص حقیقی و حقوقی که در مناطق آزاد تجاری- صنعتی فعالیت دارند از تاريخ 1399/02/30 مشمول پرداخت مالیات بر درآمد حقوق بوده و پرداخت کنندگان حقوق در اين مناطق مکلف به رعايت کلیه مقررات مربوط اعم از کسر و واريز مالیات حقوق و ارسال فهرست ماهیانه مربوط از طريق سامانه الکترونیکی می باشند.